Guide complet de la facturation des bureaux d'études

1. Pourquoi la facturation BET est un sujet à part

Un bureau d'études techniques (BET), une agence de maîtrise d'œuvre, un bureau d'ingénierie : tous ces métiers facturent autrement qu'une boutique en ligne ou un cabinet de conseil. Ils facturent au rythme de marchés qui durent des mois ou des années, sur des phases d'études normalisées, avec des mécanismes hérités du Code de la commande publique et du Code civil.

Les outils SaaS de facturation grand public (Pennylane, Sellsy, Henrri, Tiime, Indy) ont été conçus pour les TPE, les freelances, les indépendants. Leur modèle de données traite chaque facture comme une unité autonome : un produit, un prix, une date d'émission. Cette logique fonctionne très bien pour vendre un site web ou une formation. Elle s'effondre dès qu'on parle de marché d'études techniques.

Dans la facturation BET, sept mécanismes cohabitent en permanence — et leurs interactions sont la matière même du métier. Ce guide passe chacun en revue : son cadre légal, sa logique, ses pièges, et comment un logiciel correctement pensé pour le métier les tient ensemble.

2. Les factures de situation cumulatives

La facture de situation est l'outil de facturation intermédiaire le plus utilisé en BET. Elle constate l'avancement d'un projet à une date donnée et permet de facturer au fil de l'eau, plutôt que d'attendre la fin du marché pour émettre une seule facture.

Sa particularité, et la source de toutes les difficultés avec les SaaS classiques, c'est qu'elle est cumulative. Chaque nouvelle situation indique le total facturable depuis l'origine du marché, dont on déduit explicitement les situations précédentes. Le solde — le « net à payer » — correspond à la valeur produite depuis la situation précédente.

Le cadre est défini par les CCAG (Cahiers des Clauses Administratives Générales), et notamment le CCAG-PI pour les prestations intellectuelles (bureaux d'études, maîtrise d'œuvre) et le CCAG-Travaux pour les marchés de travaux. Pour les marchés privés, les modalités sont fixées au contrat.

Le calcul tient en trois étapes : déterminer le montant cumulé facturable selon l'avancement réel des phases, soustraire le total des situations précédentes, appliquer la retenue de garantie. Le solde est le net à payer.

Voir le détail : factures de situation

3. La retenue de garantie 5 %

La retenue de garantie est une somme prélevée par le maître d'ouvrage sur chaque paiement, conservée jusqu'à la levée des réserves. Elle plafonne à 5 % du montant des travaux ou prestations et sécurise la bonne exécution du marché : si des désordres apparaissent dans le délai de garantie de parfait achèvement, le maître d'ouvrage peut imputer les réparations sur la retenue.

En marché privé BTP, le cadre est fixé par la loi n°71-584 du 16 juillet 1971. En marché public, l'article 122 du CCAG-Travaux et les pièces particulières du marché fixent les modalités. L'entreprise peut remplacer la retenue par une caution personnelle et solidaire (article 1799-1 du Code civil) pour récupérer sa trésorerie immédiatement.

La libération se fait classiquement en deux temps : 50 % à la réception définitive (sans réserves ou réserves levées) et le solde à l'échéance du délai de garantie de parfait achèvement. Cela signifie qu'une retenue prélevée en mars 2024 peut être libérée seulement en mars 2026 — soit deux ans après. Sans suivi automatique, c'est l'oubli garanti.

L'enjeu pour le BET, c'est de tenir un encours retenue par marché et par client, doublé d'un échéancier de libération avec rappels. C'est strictement impossible sur un SaaS de facturation classique sans tableur parallèle.

Voir le détail : retenue de garantie 5 %

4. Les acomptes phasés APS / APD / PRO / EXE

En maîtrise d'œuvre, les honoraires de bureau d'études ne se facturent pas au temps passé mais à la validation de chaque phase normalisée : esquisse, avant-projet, projet, études d'exécution, direction des travaux. Cette logique est héritée de la loi n°85-704 du 12 juillet 1985 dite « loi MOP », complétée par l'arrêté du 21 décembre 1993.

Les sigles à connaître :

• ESQ — Esquisse
• APS — Avant-Projet Sommaire
• APD — Avant-Projet Définitif
• PRO — Études de Projet
• ACT — Assistance pour la passation des Contrats de Travaux
• VISA — Visa des études d'exécution
• EXE — Études d'Exécution (si confiées au maître d'œuvre)
• DET — Direction de l'Exécution des Travaux
• AOR — Assistance lors des Opérations de Réception

Chaque phase a sa propre valeur, exprimée en pourcentage du total des honoraires. Pour une mission Base classique, on retrouve typiquement : ESQ 5 %, APS 10 %, APD 20 %, PRO 25 %, ACT 5 %, DET 25 %, AOR 10 % — ces valeurs étant indicatives et toujours fixées au contrat.

La facturation est déclenchée à la validation formelle de la phase (PV de validation, accusé de réception du livrable). Pas avant. Le suivi du « reste à facturer par phase » devient un indicateur de pilotage essentiel — et un mystère insoluble dans Pennylane ou Sellsy.

Voir le détail : acomptes phasés APS/APD/PRO/EXE

5. Avenants, travaux supplémentaires, ordres de service

Un marché de BET vit rarement sans modifications. Trois mécanismes distincts entrent en jeu — trop souvent confondus dans le langage courant.

L'avenant est un acte modifiant formellement le marché initial. Il engage les deux parties par signature. Il peut porter sur le montant, la durée, le périmètre ou les modalités. C'est le seul outil qui crée du droit à facturer en plus.

Les travaux supplémentaires (TS) sont des prestations non prévues au marché initial, généralement révélées par l'avancement des études. Ils doivent être formalisés par un avenant pour ouvrir droit à facturation.

L'ordre de service (OS) est un document du maître d'œuvre demandant au titulaire d'exécuter une prestation. Il déclenche l'exécution mais n'a pas vocation à modifier le marché. Un OS de variantes peut signaler la nécessité d'un avenant à venir.

En marché public, les articles L2194 et R2194 du Code de la commande publique encadrent strictement les modifications. Un avenant ne peut « bouleverser l'économie du marché » — les augmentations sont plafonnées (en règle générale 50 % du montant initial pour les modifications non prévues). Un compteur d'augmentation cumulée est indispensable pour éviter l'irrégularité.

Voir le détail : avenants, TS et OS

6. La révision de prix sur indices INSEE

Quand un marché s'étale sur plusieurs mois ou années, son prix initial n'a plus la même valeur économique à la livraison. La révision de prix permet d'ajuster le montant à facturer en fonction de l'évolution d'indices INSEE représentatifs du secteur.

Les indices les plus utilisés en BET et BTP :

• BT01 — Bâtiment Tous Corps d'État (mensuel). Marchés bâtiment.
• ING — Ingénierie (trimestriel). Prestations intellectuelles : maîtrise d'œuvre, BET, AMO.
• TP01 à TP12 — Travaux publics (mensuel). Génie civil, voirie, ouvrages d'art.

La formule de révision contractuelle typique est : P = P0 × (a + b × I/I0) où P₀ est le prix initial, I₀ l'indice à la date de référence, I l'indice à la date de révision, a la part fixe (typiquement 0,125 ou 0,15) et b la part variable (0,875 ou 0,85). La somme a + b est toujours égale à 1.

La facture révisée doit comporter le justificatif intégral : indice de référence, indice de révision, formule appliquée, coefficient K obtenu. En marché public, sans ce justificatif, la facture est rejetée par le comptable public.

Voir le détail : révision de prix sur indices

7. Le DGD — décompte général définitif

Le décompte général définitif (DGD) est le document qui clôt formellement un marché. Il consolide marché initial, avenants, travaux supplémentaires, révisions de prix, libération de retenue et éventuels intérêts moratoires en un solde final accepté par les deux parties.

En marché public, son établissement suit une procédure stricte fixée par l'article 13 du CCAG-Travaux et l'article 11 du CCAG-PI. Le titulaire envoie son projet de décompte final dans les 45 jours suivant la réception. Le maître d'œuvre vérifie et transmet dans les 30 jours. Le maître d'ouvrage notifie le décompte général dans les 30 jours suivants. Sans contestation dans les délais, il devient définitif.

Le contenu typique : montant du marché initial, montant cumulé des avenants et prix nouveaux, total des révisions appliquées, total des situations émises, libération de la retenue de garantie, éventuels intérêts moratoires, solde final dû.

L'établissement à la main est risqué : données dispersées, oubli d'un avenant tardif, révisions mal recalculées, délais contractuels manqués. Un logiciel correctement structuré agrège tout d'un clic, avec références aux pièces sources.

Voir le détail : DGD — décompte général définitif

8. Cotraitance et sous-traitance

Peu de bureaux d'études travaillent seuls sur les grands marchés. Deux mécanismes coexistent, qu'il faut distinguer rigoureusement.

En cotraitance, plusieurs entreprises répondent ensemble au marché en groupement. Chacune est titulaire d'une part. Un mandataire est désigné pour la coordination. Deux formes : groupement solidaire (chacun est engagé sur le tout) ou conjoint (chacun sur sa part seulement). La distinction est cruciale en cas de défaillance d'un membre.

En sous-traitance, une seule entreprise est titulaire et confie une partie de l'exécution à un sous-traitant non signataire du marché principal. La loi n°75-1334 du 31 décembre 1975 encadre la sous-traitance. En marché public, le sous-traitant agréé peut être payé directement par le maître d'ouvrage pour la part qui le concerne (article 3 de la loi).

Sur les marchés réels, ces deux logiques se combinent : un BET mandataire en groupement conjoint avec deux cotraitants, plus un sous-traitant agréé. Soit déjà quatre flux de facturation distincts à tenir proprement sur le même marché. Les cautions de paiement et les délégations doivent en plus être suivies — typiquement dans un fichier Excel qui finit par se perdre.

Voir le détail : cotraitance et sous-traitance

9. Synthèse : la facturation BET en 5 règles

1. Penser en marché, pas en facture isolée. Une facture de BET ne se comprend que dans la chaîne d'un marché qui dure des mois ou des années. Sans cette vision continue, on facture deux fois la même tranche ou on en oublie une.
2. Ne jamais perdre de vue la retenue. 5 % de votre encaissement est en différé sur 12 à 24 mois. Sans échéancier suivi, c'est de l'argent qui dort puis qui s'évapore par oubli.
3. Aligner la facturation sur les phases de validation. En maîtrise d'œuvre, c'est la validation du livrable qui ouvre droit au paiement — pas le temps passé. Tout le reste découle de ce principe.
4. Tout rattacher au marché d'origine. Avenant, TS, OS, situations, révisions, retenue, sous-traitants : tous ces éléments doivent pouvoir être agrégés au moment du DGD. Sans rattachement strict, le décompte final devient un exercice de mémoire.
5. Justifier systématiquement. Indice de révision, PV de validation de phase, avenant signé, agrément de sous-traitant : chaque facture doit porter ses justificatifs. En marché public, sans pièce, le comptable refuse.